UNH研究生研究被动声学监测和基因测试的使用,以确定缅因湾海洋栖息地的连通性

Friday, April 28, 2023

Meet Marine Biologist Grant Milne


Key Finding:

采用被动声监测和元条形码海水样本的组合, researchers with the UNH生命科学与农业学院 and the UNH Center for Acoustics Research & Education 评估了缅因湾三个沿海海洋栖息地的生态连通性. 科学家们发现,从生态学和功能的角度来看,这种综合方法提供了一幅更全面的生物连通性图景.


Key Terms:

Ecological (or biological) connectivity:

指能影响种群动态的生物在不同栖息地或地区之间的移动, 遗传多样性与生态系统功能.

Functional connectivity:

指在不同生境或地区之间发生的能够影响生态系统生产力的生态过程, 营养循环和生态系统功能的其他方面. 功能连通性可受到物理因素(如水流)的影响, 以及生物因素,如在生态系统过程中起重要作用的生物的运动.

Metagenomics:

一门利用DNA测序技术鉴定和分析遗传物质的研究领域.g., DNA) from a mixture of organisms (e.g.(细菌、真菌和病毒)在土壤、水或空气等环境样本中. 这种方法使科学家能够在自然环境中研究整个群落的多样性和功能.

Metabarcoding:

一种在宏基因组学中使用的针对特定DNA标记的方法.e., (一组特定生物体所特有的DNA序列)以识别样品中存在的生物体. 通过将从样本中获得的DNA序列与参考数据库进行比较, 科学家可以识别样品中存在的不同物种并估计它们的丰度.

Metabarcoding Seawater Samples (MSS):

一种技术,用于识别存在于海水样本中的不同类型生物的遗传物质.

Passive Acoustic Monitoring (PAM):

一种用于监测自然环境中声音的技术.g.(海洋、森林),而不干扰被研究的生物. 这包括部署水下水听器或地面麦克风来捕捉环境发出的声音.g.(如风、浪、冰雨)和生物(如海水).g., whales, birds, insects). 分析录音中的信号可以让我们深入了解动物的行为、交流和生态.

Spatiotemporal scales:

用空间和时间来描述研究范围和持续时间的一种方法. 空间尺度是指研究的面积或范围.g.(局部、区域、全球),而时间尺度指的是研究的持续时间或频率.g.(秒、分、时、日、年、年). 了解时空尺度在生态学中很重要,因为它有助于科学家确定适合他们研究的方法和工具,并以有意义的方式解释他们的结果.

Soundscape:

“根据空间特征来描述环境声音, temporal and frequency attributes, 以及形成声场的源的类型.” ISO 18405

Soundscape ecology:

声学研究存在于生物体(包括人类)及其环境之间的声学关系.

在过去的两个夏天,海洋生物学博士生 Grant Milne 他每周都要在纽卡索海岸附近待几天.H.缅因州的福斯特堡收集声音和水样. Donning scuba gear, 部署水听器(水下麦克风)和携带水采样容器, 米尔恩通过一种叫做 Passive Acoustic Monitoring, or PAM, 以更好地了解缅因湾这些潜在危险地区的连通性,并调查自然或人类变化如何影响它们的音景. 米尔恩的研究和类似的研究发生在 UNH生命科学与农业学院 (COLSA) represent an emerging, 非破坏性的方法来研究自然环境和保护生态-通过比较声景和基因组成, and tracking them over time, 评估人为影响和环境变化的其他原因.

“通过微创监测技术评估声环境的能力对管理海洋生态系统很有价值, 特别是在人为噪音的影响方面,” described Milne. “Additionally, observation of biological and acoustic connectivity 对于评估对周围栖息地声景的间接影响是有价值的, 特别是当一个栖息地的音景经历自然或人为引起的变化时.”

Recently, Milne published findings of his research in an issue of Oceanography. 米尔恩是这篇论文的第一作者,他是 Bonnie Brown生物科学系教授兼系主任 Jennifer Miksis-Olds, director of the UNH声学研究与教育中心. Milne has pursued his interest in metagenomics-对从环境中提取的样本中发现的遗传物质的研究 Brown’s Ecological Genetics Lab.

“我的研究着眼于三种特殊的沿海海洋栖息地:普通鳗鱼草(Zostera marina)在由沙和泥构成的柔软海床中, 大型藻类群落位于由砾石床和巨石组成的坚硬海床上, and soft seabeds without eelgrass,” said Milne. “我和我的同事每周都会去我们的采样点几次, 然后把我们的样本带回实验室进行分类和排序.”

在Miksis-Olds的声学研究实验室,Milne使用“Soundscape Code由合著者迪伦·威尔福德在《澳门葡京网赌游戏》中提出. 该代码有助于比较不同栖息地和地理区域的音景,并使科学家能够确定三种栖息地的音景之间是否存在显著的关系或差异.

Diving in Gulf of Maine with Grant Milne

“格兰特的工作是进步的,因为声学和基因组学的结合提供了比单独一种传感方法更多的环境信息,” explained Miksis-Olds. “PAM只提供动物或发声源的信息(不发声的动物或发声源不会被检测到)。. With genomic information, 有可能了解到在生态系统中存在但沉默的动物.”

COLSA研究员Grant Milne收集用于测量DNA的水样
COLSA研究员Grant Milne在水下测量了大叶藻海床的高度
Top: 米尔恩收集水样,过滤DNA,然后用于宏基因组分析. Bottom: 米尔恩记录了一个大叶藻栖息地的三维结构的树冠高度.

In Brown’s ecological genetics lab, 米尔恩从水样中分离出有机物,并对DNA进行测序,以确定存在哪些植物和动物. To do this, he used a method called metabarcoding seawater samples (MSS), 该技术将单个海水样本中发现的各种生物的遗传物质进行扩增和排序,并将DNA与数据库进行比较,以确定DNA来自哪种生物.

“宏基因组学使我们能够在不实际捕获物种的情况下检测社区的活体成员,而是使用微生物, 短暂物种留下的粪便或脱落的细胞, 或者从陆地冲进水中的生物体的全部或部分, for example,” said Brown. Grant将MSS与PAM相结合的工作正在推动非破坏性环境采样的发展.”

“这个项目最初让我感兴趣的是涉及生态遗传学的工作, which I studied as an undergraduate,” added Milne. “However, during this research, 我也逐渐认识到声学作为监测和管理生态系统的工具的力量,并继续意识到这一领域的研究机会.”

本材料基于UNH声学研究与教育中心(CARE)通过海军研究办公室N00014-19-1-2515向J. Miksis-Olds. Milne is also funded by COLSA. 这项研究是由Grant Milne, Jennifer Miksis-Olds, Alyssa Stasse, Bo-Young Lee, Dylan Wilford and Bonnie Brown.

You can read the published article, 基于被动声学和元条形码的缅因湾沿海海洋栖息地连通性评价, in Oceanography.

Videographer: 
联合国大学的研究人员在大海湾河口记录了第一对交配的蓝蟹, 对生态系统有潜在的严重影响.
澳门葡京网赌游戏的研究人员收集了新的数据,这些数据将有助于新罕布什尔州大海湾河口的牡蛎恢复,并支持正在进行的努力,以了解海湾因疾病和栖息地丧失而发生的生态变化.